La “sopa amarilla” era una terapia descrita en los textos médicos chinos del siglo IV después de Cristo, para curar ciertas infecciones intestinales graves.

La técnica utilizada para la bacterioterapia fecal se ha desarrollado desde 2003 por el equipo del Dr. Thomas J. Borody en Australia, como un tratamiento alternativo en la colitis pseudomembranosa. En el mismo año, un equipo de investigación del SMDC Medical Center en Minnesota publica un trabajo que por primera vez describe el método de 18 casos de pacientes con infección por Clostridium difícil. El trasplante de la microbiota fecal, más prosaicamente llamado trasplante fecal, puede resolver los casos graves de diarrea causada por un germen muy malo, el Clostridium difícil, contra la que muchos antibióticos ya no funcionan.

El trasplante se lleva a cabo a través de una infusión de las heces de un donante sano, se diluye en una solución salina a través de un tubo de alimentación que viene desde la nariz hasta el duodeno o directamente en los intestinos a través de una colonoscopia. El material utilizado proviene de individuos sanos que se están ejecutando pruebas para descartar que sean portadores de enfermedades. El trasplante funciona porque las heces contienen cientos o incluso miles de bacterias y algunas de éstas tienen poderes curativos debido a antagonizar patógenos tales como el Clostridium difícil y restaurar la flora intestinal normal. La ventaja principal de la bacterioterapia fecal es reducir el riesgo de inducir resistencia a los antibióticos en bacterias a alta patogenicidad.