La mayoría de las enfermedades degenerativas crónicas depende de un mal estado del intestino. En particular, el abuso de azúcar refinado, favorece la proliferación de bacterias intestinales, sobretodo de los coliformes. Estos son muy activos en la producción de enzimas y pueden facilitar la transformación de los elementos precarcinógenos presentes en los alimentos, en carcinógenos activos. El consumo excesivo de la carne puede causar reacciones de putrefacción intestinal y por lo tanto formación de aminas, sustancias extremadamente tóxicas. El abuso de grasas animales saturadas cambia la flora intestinal, aumentando el porcentaje de bacterias que tienden a convertir las sales biliares en substancias carcinógenas. También pueden hacer que la pared intestinal sea más porosa y permeable a las bacterias presentes. En este entorno, la flora acidophila intestinal disminuye y por lo tanto viene a faltar la barrera natural contra los microbiotas de la descomposición de los alimentos; la membrana célular se hace más permeable, permitiendo el pasaje de un mayor número de bacterias y sustancias tóxicas en el torrente sanguíneo.
Es mucho más fácil que el organismo se debilite y sufra patologias, así como las enfermedades crónicas. También es importante tener una defecación diaria regular para hacer frente a un tránsito lento y la consiguiente disminución de lactobacilos (flora intestinal ácida) y el aumento de bacterias patógenas.

Es importante mantener el medio ambiente intestinal tan intacto como sea posible. Dependiendo de las necesidades personales, el Dr. Kousmine aconseja el uso de dos técnicas para tener el intestino “limpio”: la técnica de los enemas y la técnica de la irrigación del colon. La primera técnica consiste en la introducción rectal de alrededor de 2 litros de infusión de manzanilla a una temperatura entre los 35-37 °, con masaje abdominal. Después de evacuar el líquido, se deben introducir 4 cucharadas de aceite de girasol prensado en frío, llevado a la temperatura de 35-37 °, preferiblemente por la noche, para luego expulsarlo a la mañana siguiente. La técnica de la irrigación del colon consiste en un enema de agua a temperatura ambiente para todo el colon a través de una cánula a dos circuitos, uno de entrada y uno de salida de agua. Esta operación tarda aproximadamente 1 hora, limpia y desintoxica la mucosa del intestino, eliminando todos los residuos presentes (la frecuencia de aplicación de esta técnica varía de acuerdo con las exigencias).